Nos amis sont finalement parvenus à sortir indemnes du labyrinthe et à se libérer de la grotte. Mais alors qu’ils s’apprêtent enfin à pénétrer dans le château, un ennemi de taille se dresse devant eux : Kaiba. Le duel du destin commence, un affrontement qui verra entrer seul le vainqueur chez le maître des lieux. De plus, les règles ont changé puisque désormais c’est avec le « duel disk » que les combats sont livrés.