Après avoir résolu le mystère des sept objets millénaires, Yûgi se rend à Battle City, ville gouvernée par Kaiba lui-même, où une nouvelle épreuve l'attend. Celui qui rassemblera les trois cartes divines, pourra porter le nom de «Roi des Duellistes». La tâche est d'autant plus compliquée que le second Yûgi, "celui de l'ombre" a perdu la mémoire..