Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?