Yugi en zijn vrienden beleven nieuwe avonturen, en ieder keer komt Yu-Gi-Oh! tevoorschijn om de boosdoeners te straffen. Hij kruist de degens, of liever, de kaarten met Seto Kaiba, een kampioen van het kaartspel Magic & Wizards. In een volgend avontuur verschijnt Shahdi, een Egyptische magiër op het toneel. Hij is geïntrigeerd door de millenniumhanger en ontdekt het alter ego van Yugi.