Manta Oyamada is een eerstejaars-scholier aan de Shinra middelbare school. Wanneer hij op een avond het kerkhof doorwandelt, staat hij voor de verrassing van zijn leven. Op een grafsteen zit Yoh Asakura, een jonge sjamaan die naar Tokyo is verhuisd om invloedrijke geesten te zoeken. Deze geesten geven hem de kracht om boodschappen van overledenen over te brengen, mensen te beschermen en te genezen. En Manta merkt al gauw dat dit vermogen Yoh erg machtig maakt…