Shinichi Kudou is 17, een begenadigd voetballer, een student aan de Teitan-school en een beroemde detective. Na een afspraakje met zijn vriendinnetje Ran besluit hij twee verdachte in zwart geklede figuren te volgen. Hij wordt door hen ontdekt en overmeesterd. Ze dwingen hem een experimenteel gif in te nemen en laten hem voor dood achter, maar Shinichi Kudou is niet dood. Wanneer hij wakker wordt ziet hij er echter uit als een zesjarige jongen.

Na zijn transformatie gaat Shinichi, die nu als Conan Edogawa door het leven gaat, bij Ran en haar vader wonen. Rans vader, Kogorou Mouri, is een ex-politieagent die een eigen detectivebureau heeft. Conan hoopt met zijn hulp een spoor te vinden van de mysterieuze mannen die hem vergiftigd hebben. Om een tegengif te maken, heeft hij immers een staal nodig van het originele gif. Rans vader is echter een rasechte klungel. Als puntje bij paaltje komt, moet Conan al het speurwerk zelf doen. Op de lagere school omringt Conan zich ondertussen met een groepje vrienden van zijn 'eigen leeftijd'. Ze vormen de club van jonge detectives. Samen proberen ze verschillende mysteries op te lossen.