Alors que la série Yu-Gi-Oh! s'est terminée au bout de 38 volumes révélant la nature du double de Yûgi, s'ouvre Yu-Gi-Oh! R, la suite des aventures de notre "roi du jeu". De nouveaux duels de cartes passionnants sont au centre de cet opus inédit mettant toujours en vedette le jeune Yûgi.

Le frère de Pegasus, Tenma, cherche à venger son frère et prend le contrôle de la société Kaiba Corporation. Comme il a pour dessein un mystérieux "projet R.A.", il fait enlever Anzu au grand dam de ses amis.
Yûgi, Jono-Uchi et Honda s'embarquent donc dans une série de duels pour délivrer leur amie d'un sort funeste.

C'est à nouveau l'heure du duel !!